Enke lần đầu thi đấu cho đội tuyển quốc gia vào năm 1997, khi anh còn chơi cho Borussia Mönchengladbach, với tổng cộng 15 lần khoác áo đội tuyển U21 quốc gia Đức. Màn trình diễn của anh đã thuyết phục cựu huấn luyện viên đội tuyển quốc gia Erich Ribbeck đưa anh vào đội hình chuẩn bị cho Cúp Liên đoàn các châu lục 1999, mặc dù anh không được thi đấu bất kỳ trận nào của giải.

Sự nghiệp quốc tế của anh bị đình trệ khi anh rời Đức xuất ngoại, và anh không được xem xét một lần nào nữa cho đến khi trở về Bundesliga dưới màu áo Hannover 96. Enke nổi tiếng hơn sau FIFA World Cup 2006, dưới thời Jürgen Klinsmann, mặc dù anh đã bỏ lỡ giải đấu. Enke sau đó đã thành công trong việc có xuất trong đội hình đội tuyển Đức dưới huấn luyện viên mới Joachim Löw, được chọn để thi đấu trận giao hữu với Gruzia và sau đó là trận đấu với Síp khi thủ thành Jens Lehmann bị cúm. Cuối cùng, anh cũng đã có trận ra mắt quốc tế chính thức cho Đức trong trận thua 0-1 trước Đan Mạch ở Duisburg vào ngày 28 tháng 3 năm 2007.[17] Sau trận đấu, anh được chọn vào đội hình tham dự Euro 2008 diễn ra tại Áo và Thụy Sĩ. Enke là một sự thay thế không được đưa vào sân trong suốt giải đấu mà thấy Đức vào đến trận chung kết.

Sau khi thủ thành số một Jens Lehmann giã từ sự nghiệp thi đấu quốc tế từ trước đó tại Euro 2008, Enke đã sẵn sàng để thay thế và được sử dụng trong một số trận vòng loại World Cup 2010. Tuy nhiên, trong tháng 10 năm 2008, anh bị trấn thương xương cổ tay trong khi tập luyện với đội tuyển quốc gia chuẩn bị cho trận vòng loại gặp Nga. Sau khi trải qua phẫu thuật, anh đã phải ngồi ngoài hai tháng, và được thay thế bởi René Adler. Khi trở lại vào tháng 1 năm 2009, anh lại trở thành thủ môn số một của đội tuyển quốc gia Đức.[18]

Vào tháng 9 và 10 năm 2009, Enke không tập luyện trong vài tuần. Lý do gửi đến ban huấn luyện Hannover 96 là do anh bị nhiễm trùng vi khuẩn Campylobacter đường ruột, mặc dù tiết lộ trong cuốn sách của Ronald Reng có tên là A Life Too Short: The Tragic Story of Robert Enke rằng điều đó chỉ đúng một phần và thực tế là bệnh trầm cảm Enke đã tái phát và ngày càng nghiêm trọng hơn. Anh không trở lại với bóng đá cho đến cuối tháng 10, kết quả là anh không được gọi chuẩn bị tham gia trận giao hữu với Chile, diễn ra khi anh đã qua đời.[19] Trước khi qua đời, Enke được cho vẫn là thủ môn số một của Đức tại World Cup 2010, trước cả ppManuel Neuer]].[20] Tổng cộng anh có 8 lần khoác áo đội tuyển quốc gia Đức. Trận đấu quốc tế cuối cùng của Enke là vào ngày 12 tháng 8 năm 2009 khi anh giữ sạch lưới trước Azerbaijan.[21]